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Image atelier d'analyse/Image analysis workshop (ICASS 2015)

(Diapos ici/slides here)


    CHM 7001 - Techniques de micro-imagerie

    Horaire:

    Mardi         08h30-10h20
    Mercredi    12h30-14h20

     

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    Plan de cours

    Calendrier

    Information pour le projet indépendant

     

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    DIAPOSITIVES  :

    Semaine 1a

    Semaine 1b

    Semaine 2 : Diapositives 2a, 2b, 2c

                         Échantillons d'images 1, 2, 3

    Semaine 3a:

                         Un exemple vidéo.

     Semaine 3b:

                         Guide de "batch processing"

                         Ressources pour les développeurs

                         Tutoriels de programmation

                         Miura, K. (éd.) « Macro Programming in ImageJ », Centre for
                         Molecular & Cellular Imaging EMBL Heidelberg, 2014. (lien)

    Semaine 4a:

    Références: Kernels et des filtres populaires: pp 64-75 « Basics of image processing and analysis », Centre for Molecular and Cellular Imaging EMBL Heidelberg, 2014. (lien)

    Semaines 5-6: Diapos (A) : Statif (1), Illumination de l'échantillon (2), Condenseur (3), Objectifs (4), Oculaires (5). Diapos (B) : Caméras (6)

    Semaine 7 : Atelier de formation

    Semaine 8 : Micromanager, acquisition

    Semaine 9a : Modalités d'observations

    Semaine 9b : Exemples de microscopie avancée 1 : Fluorescence, FRET, TiRFM, caméras

    Semaine 10a : Microscopie confocale à balayage laser. Microscopie confocale à balayage laser. Calculation de la resolution pour différentes tailles de pinholes.  Galeries d'images 1, 2, 3.

    Semaine 10b : Techniques spéciales. Imagerie en stéréo, mesures de diffusion (FLIP, FRAP, FCS, ccFCS, RICS), photostimulation, mesures de force (pinces optiques).

    Semaine 11a : imagerie spectrale. Raman, SERS, TERS, FTIR, MRI.

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    DEVOIRS

    Devoir 2:

    Q3A: Image1, Image2

    Q3B: OD taget

    Devoir 3

    Devoir 4

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    Références et liens:

    1. Ferreia, T. et Rasband, W. I. (éd.) « ImageJ User Guide : IJ1.46r », National Institutes of Health, 2012. (lien)

    2. Baecker, V. (éd.) « Workshop: Image Processing and Analysis with ImageJ », Montpellier RIO Imaging, 2013. (lien)

    3. Miure, K (éd.) « Basics of image processing and analysis », Centre for Molecular and Cellular Imaging EMBL Heidelberg, 2014. (lien)

    4. Dean, Z. (éd.) « Micro-Manager User Guide », Vale Lab, UCSF, 2014. (lien)

    5. Tsuchida, M. (éd.) « Micro-Manager Configuration Guide », Vale Lab, UCSF, 2014. (lien)

    6. A. Edelstein, N. Amodaj, K. Hoover, R. Vale, N. Stuurman, « Computer Control of Microscopes Using μManager », Current Protocols in Molecular Biology, 12.20.1, 2010. (lien)

    7. A. Edelstein, Mark A. Tsuchida, N. Amodaj, H. Pinkard, R. Vale, N. Stuurman,  « Advanced methods of microscope control using μManager software », J. Biological Methods, 1, 1-10, 2014. (lien)

    8. IA. Méndez-Vilas (éd.) F. Paquet-Mercier, M. Safdar, M. Parvinzadeh, J. Greener, « Emerging Spectral Microscopy Techniques and Applications to Biofilm Detection », in Microscopy: advances in scientific research and education, Formatex, 638, 2014. (lien)

    9. Miura, K. (éd.) « Macro Programming in ImageJ », Centre for Molecular & Cellular Imaging EMBL Heidelberg, 2014. (lien)

    10. Fluorochrome tableau de données, Olympus Microscopy Resource Center. (lien)



    CHM 1000

    Bienvenue à CHM 1000. Éléments nécessaires sont stockés ci-dessous par lecture.

     

    Les heures de bureau : lundi de 10h30 jusqu'à 12h00, vendredi de 9h00 jusqu'à 10h00

     

    Contenu du cours et des documents et ressources supplémentaires

    Notes par conférence :

    (1)  2015-08-31 : Lisez l'aide mémoire. Puis, refaites le test qui on a fait pendant le cours (Devoir 1). La date limite est le prochain cours (le 4 septembre).

    (2) 2015-09-04 : Devoir informel (problèmes de pratique, ils ne comptent pas).

    ->Astuce : trouvez log2(0,25)

    ->Q4 : F = 2,31E-12 ou 2,31pN. Technologie pertinente : pinces optiques (optical tweezers)

    (3) 2015-09-11 : Devoir 2 (date limite : le 18 sept. 10h30). Utilisez ce tableur Microsoft Excel. Resources Internet: Webelements, Wikipedia. La stabilité des isotopes (courbe)

    Résultats: Test de diagnostique, Devoir 1

    (4) 2015-09-14  : Les forces électromagnétique/forte. Énergie (potentielle, cinétique). Équations de la mécanique. Exemples. Unités.https://fr.wikipedia.org/wiki/Mod%C3%A8le_atomique

    ->Tableur exemple

    (5) Effet photoélectrique, potentiel électrique, spectres d'émission élémental, modèles de l'atome.

    (6) L'atome de Bohr. 

    (7) L'atome de Bohr cont. (lien). Devoir 3.

    (8) Non hydrogène atomes de Bohr (lien). Fractionnement du niveau d'énergie dans un champ magnétique (Effect de Zeeman). Fonction d'onde de l'hydrogène (lien)

    (9) Notes de cours (lien). Équation de Schrödinger, fonction d'onde, particule dans une boite, l'atome de Bohr, onde stationnaire (vidéo)

    (10) Particule dans une boite cont. (lien1, lien 2). 

    (11) la révision de devoirs 2. Devoir 4. Tableur pour D4.

    (12) La révision de devoir 3 et l'examen. L'examen de pratique.

    (15) VSEPR, la forme d'une molécule, hybridation. Lien2.

    (16) VSEPR, cont. Reponses de l'exame.